1-阿尔茨海默病

Author: haoransun
WeChat: SHR—97

ADNI

官网：https://adni.loni.usc.edu/

官网简介：https://blog.csdn.net/weixin_43916387/article/details/116464264

SimpleITK库 - 医学图像处理

数据集下载权限申请差不多要一周才能有邮件回复

ADNI 数据预处理（1）SPM，CAT12；数据集

https://blog.csdn.net/houchaoqun_xmu/article/details/79679288?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-title-2&spm=1001.2101.3001.4242

Kaggle-数据集

https://www.kaggle.com/datasets/jboysen/mri-and-alzheimers

实验

1-数据集

此处选择ADNI官方提供的基线数据集，ADNI:Baseline 3T，由于患者到访时间在2005-2007之间，且将全部数据集 199个患者，下载到本地高达4.5G，此处仅选择2006年到访的70个患者为数据集（2.16G），为实验做准备。有的患者的医疗影响被处理缩放了两次。。。

下载如下图所示：

2-数据集预处理

在github上发现了一个称为ClinicaDL的医学临床影像处理框架，可以做一些针对bids医学图像文件的预处理及常规的CN操作，但从ADNI中心下载的是.nii格式的文件，目前正在研究中。。。

ClinicaDL：https://clinicadl.readthedocs.io/en/latest/Introduction/

3-如何构建符合GNN的数据集

一个节点表示一个病人，节点特征由病人图片特征构成。

节点之间的连接关系由非特征给出，具体边构建方案如下：

• 属于同一类症状：痴呆、轻微痴呆、正常等，同一类症状的有边连接。
• 有转化关系的之间有边连接，正常->轻微痴呆、轻微痴呆->痴呆，这么做的话，就变成了有向图。。。
• 采集患者年龄、性别相同的之间有边连接

4-如何提取特征

图片输入传统的CNN，CNN作为一个特征提取器，提取到图片特征后，经过归一化处理，同节点一起，作为节点的特征，即** X [num_nodes, num_node_features**。

5-MRI不同截面图

Axial：又名横断面，transverse
Coronal：又名冠状面，
Sagittal：矢状面，如同一个箭矢劈开成左右两半

这种图就是横断面Axial