9-(文)利用Matlab的spm12工具处理fMRI为ROI

字数统计: 354字   |   阅读时长: 1分
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  1. 1. 预备工具
  2. 2. 1. 下载DICOM数据
  3. 3. 2. DICOM转换为NIFTI输出s开头文件
  4. 4. 3. 时间层校正Slice Timing输出as开头文件
  5. 5. 4. 头动校正Realignment(Realign Est & Res) 输入ras开头文件
  6. 6. 5. 归一化Normalize(Est & Wri)输出w开头文件
  7. 7. 6. 平滑Smooth 输出sw开头文件
  8. 8. 7. 配准Co-register(reslice)
  9. 9. 8. 提取ROI

Author: haoransun
Wechat: SHR—97

https://www.bilibili.com/video/BV1Ee411T74n/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=cdbbedc88ac17f2589c268d0ab8e73fc

预备工具

1matlab
2spm12
3dpabi（提取ROIs）
4AAL1/2/3模板

1. 下载DICOM数据

https://ida.loni.usc.edu/home/projectPage.jsp?project=ADNI

2. DICOM转换为NIFTI输出s开头文件

可以直接下载官网提供的nii文件，省时间

3. 时间层校正Slice Timing输出as开头文件

修改参数

Number of slice(nslices)：48 实际nii的最后一个维度

TR：3（3000ms）可通过ADNI-Collections中待下载文件的Description查看

TA：TR-TR/nslices（扫描第一张到最后一张的起始时间差）

信号收集（slice order）：使用Matlab的冒泡表达式表示顺序

●顺序（sequential）：48:-1:1

●或间隔（interleaved）：1:2:47 2:2:48

Reference Slice：nslices/2 最好选择中间的切片，如当前为 48/2=24

4. 头动校正Realignment(Realign Est & Res) 输入ras开头文件

修改参数

Num Passes：选择Register to mean（均值）

5. 归一化Normalize(Est & Wri)输出w开头文件

修改参数

修改Voxel size：3 3 3

选择上一层产生的mean*.nii文件用于 Image to Align

6. 平滑Smooth 输出sw开头文件

修改参数

FWHM为高斯平滑核的大小：选择[6,6,6]。

7. 配准Co-register(reslice)

配准到 AAL1 模板

AAL模板可以从谷歌搜索下载：

https://www.gin.cnrs.fr/en/tools/aal/

https://www.oxcns.org/aal3.html

8. 提取ROI

matlab窗口输入 dpabi

Utilities–>ROI Extractor

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    缺失模块。
    1、请确保node版本大于6.2
    2、在博客根目录（注意不是yilia根目录）执行以下命令：
    npm i hexo-generator-json-content --save

    3、在根目录_config.yml里添加配置： 

      jsonContent:
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一个脱离了高级趣味的人!