10-GRETNA处理fMRI

字数统计: 227字   |   阅读时长: 1分
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  1. 1. DiCOM to NifTI
  2. 2. Remove First Images
  3. 3. Slice Timing
  4. 4. Relagin
  5. 5. Normalize
  6. 6. 完整版本

Author: haoransun
Wechat: SHR—97

参考论文过程
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https://zhuanlan.zhihu.com/p/388847720?utm_id=0

https://www.bilibili.com/video/BV1JM411h7SR/?spm_id_from=333.1007.top_right_bar_window_custom_collection.content.click&vd_source=cdbbedc88ac17f2589c268d0ab8e73fc

Matlab中输入gretna出现软件界面

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由上到下依次是：

  • FC矩阵网络构建
  • 网络分析
  • 矩阵统计比较

点击第一个 FC Matrix Construction

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数据分割为

FunRaw和T1Raw

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FunRaw下面存有Subject序列

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选进来之后，如下图展示

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一般选择除了平滑和Scrubbing两个步骤不做

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DiCOM to NifTI

Remove First Images

移除前20个时间点，下图demo选择的是10

Slice Timing

TR=3 下图demo中是2

Slice Order : Starting at odd

Reference Slice: Middle Slice

Relagin

Num Phasses: Register to first

Normalize

EPI 由于此处没有T1Raw图像，所以直接选择 EPI

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完整版本

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选择Load Configuration 选中/home/pugongying/data/jupyterLab/new_dev/shr/AD-Predict/MyFunPreproAndNetConConfig.mat 文件

提前设置好的配置自动加载进来,重新检查一遍

选择FunRaw文件夹

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结果如下展示

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    缺失模块。
    1、请确保node版本大于6.2
    2、在博客根目录（注意不是yilia根目录）执行以下命令：
    npm i hexo-generator-json-content --save

    3、在根目录_config.yml里添加配置： 

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一个脱离了高级趣味的人!