11-DTI预处理

2023-11-16

字数统计: 858字 | 阅读时长: 3分

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1. 第一步: 文件夹准备
2. 第二步: 提取bo
3. 第三步: PANDA中点点点
1. 3.1. DIffusion Opt
2. 3.2. Tracking Opt
4. 结果展示

Author: haoransun
Wechat: SHR—97

📎DTI数据预处理详细流程分步整理.pdf

文件准备

设置一个CN/EMCI/LMCI文件夹，下面放入各个被试的数据

上面是pdf截图，具体细节查看pdf

第一步：文件夹的准备

dcm2nii.sh(无效)

https://www.jianshu.com/p/220f6f6f59ae

运行不成,使用软件做转换

Text

cd DTI_test
for i in sub*
do echo now processing ${i}
dcm2nii ${i}
#rm -r ~/sharefolder/DTI_test/${i}/00*
mkdir ~/sharefolder/DTI_test/${i}/1
mv ~/sharefolder/DTI_test/${i}/20* ~/sharefolder/DTI_test/${i}/1
done
echo finished, exciting

第二步：提取b0

PANDA中使用extract_b0代码

Text

cd /home/pugongying/data/jupyterLab/new_dev/shr/Study5/CN/DTI_Result
for i in /home/pugongying/data/jupyterLab/new_dev/shr/Study5/CN/DTI_Result/*
do cd ${i}/1
   fslroi *.nii.gz ${i}_b0.nii.gz 0 1
   # cp ${i}_b0.nii.gz /home/siying/sharefolder/DTI_test/b0
   # rm ${i}_b0.nii.gz
echo now processing ${i}
   done

第三步：PANDA中点点点，进行预处理

选择DICOM–>NifTI

正式开始

第一步: 文件夹准备

准备 CN/DTI_Test 文件夹

准备 CN/DTI_Result 文件夹

准备 CN/DTI_Final 文件夹

每个文件夹下放入对应受试者的文件夹名称,如下图所示

格式转换

选中DICOM -> NIFTI

点击 DICOM Path 挑选Subject, 此处只选择了3个Subject

点击 Result Path 选择转换后图像保存路径,此处选择 CN/DTI_Result 文件夹

Subject_IDs 输入 1:3 因为选择了3个Subject

Type 选中 fMRI

点击RUN按钮, 进行格式转换

结果展示

CN/DTI_Result 文件夹会出现每个Subject 对应的新编号,如 00001 00002 此处需要自己记录转换前后名称的变化

会出现3个文件,具体含义参见最上面

每一个Subject下新建一个名称为1的文件夹,将上面3个文件放入其中

其他Subject依次类比

第二步: 提取bo

Text

cd /home/pugongying/data/jupyterLab/new_dev/shr/Study5/CN/DTI_Result
for i in /home/pugongying/data/jupyterLab/new_dev/shr/Study5/CN/DTI_Result/*
do cd ${i}/1
   fslroi *.nii.gz ${i}_b0.nii.gz 0 1
   # cp ${i}_b0.nii.gz /home/siying/sharefolder/DTI_test/b0
   # rm ${i}_b0.nii.gz
echo now processing ${i}
   done

📎extract_b0.sh

在CN文件夹路径下打开终端

运行该代码 sh extract_b0.sh